高允字伯恭，渤海药（今河北景县）人。他为人正直，勤奋好学，学识渊博。北魏太武帝拓跋焘曾让他和崔浩共同撰修《国记》（国史）。《国记》写完以后，崔浩以“暴扬国恶”的罪名被捕下狱，高允却被太子拓跋晃召入东宫，询问缘由。太子对他说：“我想搭救你， 请你按照我的语言行事。”次日早朝，拓跋晃引高允去见太武帝。太子对太武帝说：“《 国记》都是出自崔浩-一人之手，与高允无关，请免其罪。”太武帝转问高允：“图书 皆崔浩所为乎？”高允从容答道：“《太祖记》是着作郎邓渊写的《先帝记》和《今记》是我和崔浩共同写的。崔浩因公务繁多，对编修《国记》只是总其成而已。至于着述，我比他写得多。”太武帝脸色阴沉地对拓跋晃说：“高允比崔浩罪重， 这怎么能赦免呢？”拓跋晃忙说：“高允是个小臣，参见天子未免迷乱失次了。我曾经问过别人，都说是崔浩所为。”太武帝又问高允：“你真是语言错乱了吗？”高允再答：“怎敢欺骗陛下？ 我讲的都是实话，不是迷乱失次。

太武帝沉思了片刻，对拓跋晃说：“直率、 忠诚是人的美德，高允能够直言相对，不欺君，临死不易（改）辞，他是讲信义的。免其死罪！”随后太武帝命令高允起草诏书，处死崔浩及其僚属等共一百二十八人，其诛连九族。高允退下，迟疑了半晌，要求再见太武帝。他说：“崔浩修《 国记》，虽因仗义直言触犯天威，但罪不当死，请陛下三思。”没想到这几句话又触怒了太武帝。

太武帝把高允抓起来。由于太子求情，高允才得到赦免。

过了几天，拓跋晃对高允说：“我想为你开脱死罪， 你却不昕从我的话，如今想来真后怕呀。”高允听罢很诚恳地说：“编修国史就是要记述天子的善恶，为将来劝戒后人，使他们有所畏忌，“慎其举措’ 。至于书朝廷起居，言国家得失，此为史之大体，我怎么能够违背呢？”

高允秉笔直言，坚持修史原则，临危不惧，博得许多史家的赞扬。后来，高允官至中书令，参与大政。

487年2月10日（北魏孝文帝太和十一年正月二日），高允病逝，享年九十八岁。