华佗因为无法给曹操医治，且没有按时返回许都，被曹操打进了监狱。

关了一阵，软硬兼施都没能使华佗低头。侍从官向曹操报告:“华佗毫无回心转意的表现。”“杀掉!”曹操轻便地答道。当时，曹操的军师、正在与他商量事情的荀彧在场，听到曹操作出杀掉华佗的决定，便劝阻道:“华佗的医术确实高明，关系到别人的生命和健康，还是宽恕为好!”曹操固执地说:“担心什么! 天下还少了这田鼠般的小人吗!他是能治好我病的，但是他存心不给我治好。这样的人留着有什么用!”

在许都监狱，牢头对于这位新来的“犯人”久已闻名的杰出医生，特别尊重和优待。华佗也感激和信任他。

一天，进来探监的只有牢头一个人。华佗走到牢头跟前，从怀里取出一卷东西，小声地说:“来到这里，受到你仁义相待，万分感激。看样子早晚就要处决我，我还有一件事情放心不下。我觉得你正直可信，不知能否相助。”华佗举起手中的那卷东西说:“这里面记录的是我的心血结晶，是可以救人活命的医方，想麻烦你替我设法转到家乡，交给我的学生昊普和樊阿。”

牢头久久看着华佗手上的东西，既不开口也不伸手，露出一种为难的样子。华佗叹了口气说:“我看出你有难处，不好办?”牢头点点头，同时无可奈何地说:“狱吏同情犯人，要与犯人同罪!”“那就不连累你了，请你给个火吧!”于是，这卷极其珍贵的医方，华佗一生心血的结晶，顷刻之间化为灰烬，这位憨( han酣)厚、刚强的老人禁不住流出了辛酸的眼泪。

不久，华佗被杀了，时间大约在公元208年，终年六十七岁。一个 挽救了无数人生命的医生，死于非命。他的“罪过”仅仅是他甘为众人而不为一人所用。后人有诗表述对这位医林伟人的崇敬和惋惜:

华佗仙术比长桑，神识如窥垣一方。

惆怅人亡书亦绝，后人无复见青囊!

一代神医就此消逝，让人无限感慨，华佗所著的医学经典没有流传下来，是医学史上一项非常大的遗憾。