清朝有一种机密文书—奏折。最早出现奏折是在康熙时期，奏折就像君与臣之间的一种秘密通信。到了雍正时期奏折成为正式公文。乾隆初期才有了相应的文书制度，皇帝批阅后，先有军机处抄录一份副本以备后期查阅，原件在本人看后还要定期缴回宫中保存。档案馆现在共收藏皇帝批阅过的奏折约有70多万件，而副本多出20余万件，共有90多万件。

“杨乃武与小白菜”是清朝末期四大奇案之一。这个案件的经过都在奏折上记录的非常详细。案件从一个豆腐店的伙计突然暴病身亡开始，案件的审理过程十分曲折。经过多年，杨乃武与小白菜最终被***，但是州、县、省级许多官员也受到了处分。

玉蝶，是清代皇室的族谱，也是一种特殊的历史资料。清代玉牒以太祖努尔哈赤的父亲塔克世为大宗，大宗后面又分为近支和旁支。近支的玉牒是用黄绫做封面，比如皇帝的直系亲属都属于近支,称为宗室。非直系亲属玉牒为红绫封面，旁支满语叫觉罗。

所以每次修玉牒都要抄成满汉两种文本。清代玉牒还有一个特别之处，专门设有一个记录皇族女子的玉蝶，这是以前朝代都没有的。清朝时候皇帝规定每10年要重修一次玉蝶。档案馆现存有各种玉牒2600多册。

因为每隔10年就要重修玉蝶，每次重修就要把新生人口添加进去，玉牒长久下来就越来越厚。1921年,溥仪最后一次修订玉牒一共有7000页之多,共记录了清代宗室男性十余万人，也成为世界上人数最大的一份族谱。

清宫秘档对历史研究具有十分重要的价值，被中国第一历史档案馆收藏。2002年,清代的《玉牒》《金榜》《秘密立储档案》被收入《中国档案文献遗产名录》中。